La historia se ubica en el Japón posterior a la restauración Meiji. En esa epoca los samurais han perdido relevancia y existe incluso la prohibición de portar espadas. En esa era el vagabundo Kenshin Himura deambula de ciudad en ciudad tratando de llevar una vida pacífica en busca de alejarse de su tormentoso pasado de la era Tokugawa, cuando era conocido como Battosai el destajador, un sanguinario e invencible samurai que ayudó al actual gobierno a establecerse. Eventualmente Kenshin recibe ofrecimientos para tener un alto rango en el ejército del gobierno actual, pero sabedor de la corrupción reinante en el nuevo gobierno, y queriendo olvidar su pasado, el rehusa esos ofrecimientos. Estos sentimientos no le impiden portar una espada con filo invertido, la cual usa con habilidad en defensa propia sin herir de gravedad a su oponente. Al comienzo de la historia encontramos a Kaoru Kamiya, una hermosa joven que esta a cargo de una escuela de Kendo, en búsqueda de Battosai el destajador para capturarlo debido a los rumores en el pueblo que vinculan a este asesino con su dojo. Pronto los pocos estudiantes que aún le quedan la abandonan debido al desprestigio en que ha caido la escuela, y es en estas circunstancias en que conoce a Kenshin. Sabedor de que el verdadero culpable esta aprovechandose de la fama del sanguinario battosai, Kenshin le ayuda a desenmascarar al impostor. Una vez hecho esto, Kenshin se queda en el dojo Kamiya. Poco a poco se les unen otros personajes secundarios: Yahiko Myoujin, un bravo y leal niño que se convierte en aprendiz de Kaoru; Sanosuke Sagara, un rudo peleador resentido con el gobierno Meiji debido a la traición que se cometió contra el grupo de soldados al cual pertenecía su mentor; Megumi Takani, una doctora que siempre ayuda a Kenshin después de sus batallas; Aoshi Shinomori, un guerrero ex-lider del grupo Oniwabanshu con sed de venganza y Misao Makimachi, una joven integrante del grupo Oniwabanshu enamorada de Aoshi.
